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La actual Biblioteca Nacional de Ciencias de la Salud empieza a configurarse en 1994, cuando coincidiendo con el 70º Aniversario de la Escuela Nacional de Sanidad, se constituye como unidad centralizada de documentación para todo el Instituto de Salud Carlos III.
Adquiere su actual definición como Centro Nacional el 2 de agosto de 1996 (RD 1893/1996), dependiendo entonces orgánica y funcionalmente de la Escuela Nacional de Sanidad del Instituto. A partir del 28 de julio de 2000 (RD 809/2000) pasa a depender de la Subdirección General de Planificación y Coordinación Docente, entre cuyas funciones se definen la coordinación de la Escuela Nacional de Sanidad y de la Biblioteca Nacional de Ciencias de la Salud, que asume la dirección y coordinación de todas las bibliotecas del Instituto.
Actualmente depende de la Subdirección General de Investigación en Terapia Celular y Medicina Regenerativa.
La actual directora es Dª Cristina Bojo Canales.